Nel 1475 il Sultano Mehmet II, fece convertire la chiesa originaria in moschea, per cui nel 1476 i frati si spostarono 200 metri ad est, sempre sotto la torre di Galata, in una casa appartenente al nobile veneziano Angelo Zaccaria. Nell'edificio era inclusa una piccola cappella, usata dalle suore e dedicata a San Pietro e Paolo. Il 20 aprile del 1535, il vecchio Zaccaria cedette la casa ai domenicani a fronte della promessa dell'offerta mensile di una candela e della celebrazione di una messa settimanale per l'anima sua e dei suoi genitori.

Nel 1603-1604 la cappella venne ingrandita annettendola ad un monastero ma nel 1608, il Sultano Ahmed III, pose il complesso sotto il potere del re di Francia, mentre la chiesa continuo' ad essere sostenuta da un'offerta annua da parte della Repubblica di Venezia.

Nel 1640 vi fu' collocata una grande icona della "Vergine Odigitria", proveniente da Caffa (in Crimea) che al tempo era collocata nella chiesa domenicana di Santa Maria, ubicata all'interno delle mura di Costantinopoli ed in quegli anni convertita anch'essa in moschea (Moschea Odalar).

Nel 1660 la chiesa e il monastero furono devastati da un incendio che distrusse totalmente il complesso, ad eccezione dell'icona che si salvo' ma, secondo le leggi del tempo, il terreno divenne di proprieta' del governo ottomano.

Nonostante cio', grazie all'intercessione delle potenze europee, nel 1702 vi fu costruita una nuova chiesa, ma nel 1706, dopo che i domenicani rifiutarono di inviare l'icona a Venezia, la Serenissima smise di pagare il contributo annuo alla chiesa.

Intorno a quegli anni, l'icona fu parzialmente restaurata e il manto della Vergine mostra ora il giglio di Francia, pertanto, soltanto il volto e il seno sembrano essere quelli del dipinto originale.

Il complesso brucio nuovamente durante il grande incendio di Galata del 1731, dopo il quale fu' ricostruito in legno.

Dal 1841 al 1843 Gaspare Fossati edifico' l'attuale edificio. La cupola sopra il coro e' tinteggiata in blu, con l'inclusione di stelle in oro e la parete esterna del presbiterio e' inclusa nelle antiche mura genovesi di Galata.

La chiesa custodisce le reliquie di San Renato (trovate nelle catacombe di Galata), di Tommaso Apostolo di San Domenico e dei Santi Pietro e Paolo. Il cortile orientale d'ingresso alla chiesa ha la forma di un vicolo chiuso da alte mura coperte con sculture e lapidi con iscrizioni, la maggior parte in italiano. Altre lapidi sono conservate nella cripta.

Assieme alla chiesa di "Sant'Antonio di Padova" e quella di "Santa Maria Draperis", la chiesa di San Pietro e Paolo era una delle tre parrocchie di Beyoglu, la cui giurisdizione si estendeva alla zona bassa di Galata, che abitualmente era la prima residenza degli immigrati europei. In funzione di questo, i registri di nascite, matrimoni e morte della parrocchia rappresentano un'invidiabile fonte di informazioni sulle frequenti e ricorrenti onde di immigrazione del XVIII e XIX secolo.

La chiesa oggi assiste la comunita' con la celebrazione delle messe in italiano.